反滲透系統的產水一般存在多項水質指標要求。對于純水制備系統而言，基本的產水水質指標是以mg/L為單位的含鹽量，或以聲µS/cm為單位的電導率;對于其他特殊的工藝系統而言，可能還有TOC, COD, pH值、特殊離子含量等指標的要求。

  系統產水水質要求一般不存在隨時間變化的問題，但由于反滲透系統的脫鹽率也受給水溫度、給水含鹽量、膜元件污染及膜性能衰減等因素的影響而產生變化，系統設計脫鹽率應以膜元件壽命后期的嚴重臨時性膜污染狀態及給水溫度、給水含鹽量為背景，以保證產水水質始終達到或超過設計要求。

  系統運行時的產水流量指標遠較產水水質指標的可控性強，且產水流量與工程用水流量平衡，而產水水質總高于工程用水質。因此在進行系統設計時，設計產水水質指標的裕度一般也高于設計產水流量指標的裕度。